Modélisation de la dynamique 3D d'un tissu biologique in vivo

Appel à candidature pour:

Mots clés : Biophysique, mécanique des milieux continus, simulations numériques, nano-ablation laser, biologie du développement, rhéologie, recherche interdisciplinaire.
Responsables :
Jocelyn Étienne Jocelyn.Etienne@Univ-Grenoble-Alpes.fr
http://liphy-annuaire.univ-grenoble-alpes.fr/pages_personnelles/jocelyn_etienne
Catherine Quilliet, Catherine.Quilliet@univ-grenoble-alpes.fr
https://www-liphy.univ-grenoble-alpes.fr/pagesperso/quilliet/
Matteo Rauzi, Matteo.Rauzi@univ-cotedazur.fr

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Le développement des embryons nécessite que leurs cellules exercent des forces de façon coordonnée pour engendrer les déformations conduisant à l'acquisition d'une forme donnée. Ceci nécessite, en plus de l'exécution contrôlée en espace et en temps du programme génétique, d'exploiter la géométrie 3D de l'organisme pour localiser et orienter les forces mécaniques. Nous avons ainsi montré récemment [Fierling et al, 2022] comment la géométrie 3D de l'embryon de Drosophile est responsable de l'anisotropie des contraintes mécaniques, qui à leur tour permettent de plier le tissu de façon rectiligne lors de la phase initiale de formation du sillon ventral, voir Fig A.

Pour le stage, l'objectif est de poser les bases de la compréhension de la phase suivante de la gastrulation de l'embryon, lorsque ce sillon s'invagine. En s'appuyant sur des expériences en cours à l'IBV, et en collaboration avec l'équipe au LIPHY, le stagiaire utilisera des approches numériques et/ou analytiques pour identifier le modèle mécanique le plus adapté pour expliquer les observations.

Pour la thèse, l'objectif est de développer une approche numérique pour ce problème lors d'une première année au LIPHY, puis de mener conjointement simulations numériques et expériences à l'iBV. Voir le PDF de l'offre de thèse.

L'IBV a développé des techniques d'imagerie pour révéler les structures du cytosquelette au niveau latéral et basal des cellules, c'est-à-dire à une profondeur de quelques dizaines de microns à l'intérieur de l'embryon [John & Rauzi, 2021] : celles-ci sont encore peu connues du fait des difficultés d'observation, et pour en tester le comportement mécanique. En particulier, des ablations laser (nano-incision qui révèle la tension en présence) et l'utilisation de techniques d'optogénétique (activation locale et contrôlée des moteurs moléculaires) permettront une approche d'“ingénierie inverse” du système.

Les simulations numérique pourront s'appuyer sur des outils existants tel que Surface Evolver en 3D [Fierling et al, 2022] et ACAM en 2D, co-développé par le LIPHY [Nestor-Bergmann et al, 2022].

Figure 1: A, Modèle mécanique de la formation du sillon ventral prédisant une anisotropie des contraintes conduisant à un flambage en tension. B Vérification expérimentale du caractère rectiligne du pli observé [Fierling et al, 2022]
A B

Image julien_VFF


Conditions du stage :

Profil de l'étudiant :


Illustration

Le Laboratoire Interdisciplinaire de Physique se trouve à Grenoble. Initialement centré sur la physique et l'instrumentation, le Laboratoire est désormais fortement interdisciplinaire, et compte parmi ses membres des chercheurs et doctorants en mécanique, mathématiques appliquées et biologie.


Références

Fierling J., A. John, B. Delorme, A. Torzynski, G. B. Blanchard, C. M. Lye, Anna Popkova, Grégoire Malandain, B. Sanson, J. Étienne, P. Marmottant, C. Quilliet and M. Rauzi, 2022
Embryo-scale epithelial buckling forms a propagating furrow that initiates gastrulation
Nature Comms. 13:3348.

Nestor-Bergmann A., G. B. Blanchard, N. Hervieux, A. G. Fletcher, J. Étienne, and B. Sanson, 2022
Adhesion-regulated junction slippage controls cell intercalation dynamics in an Apposed-Cortex Adhesion Model
PLOS Comput. Biol. 18(1):e1009812

John A., M. Rauzi, 2021
A two-tier junctional mechanism drives simultaneous tissue folding and extension
Dev Cell. 2021;56 (10):1469-1483.e5.